Ο πυρήνας του Πάρκου περιλαμβάνει τη λίμνη Κερκίνη και τον ποταμό Στρυμόνα, από τη λίμνη ως τα ελληνοβουλγαρικά σύνορα. Εντός του πυρήνα υπάρχουν ζώνες υψηλής προστασίας. Μία ευρεία περιφερειακή ζώνη περικλείει τα βουνά Μπέλλες, τα Κρούσσια όρη και Μαυροβούνι και περιοχές νότια και ανατολικά από τη λίμνη.

Το κλίμα της περιοχής είναι γενικά ηπειρωτικό, με όχι πολύ ζεστό καλοκαίρι και με ψυχρό χειμώνα. Η ύπαρξη της λίμνης μετριάζει κάπως τις χαμηλές θερμοκρασίες του χειμώνα. Δροσερή είναι η άνοιξη, όπως και το φθινόπωρο, εποχές με ηλιοφάνεια αλλά και με αρκετές βροχές.

Υπάρχουν δύο δρόμοι προσέγγισης στο Πάρκο. Ο ένας είναι από τις Σέρρες προς το χωριό Λιθότοπος ή προς Σιδηρόκαστρο – Νέο Πετρίτσι – Βυρώνεια – Κερκίνη. Ο άλλος έρχεται από το Κιλκίς, μέσω Δοϊράνης και Καστανούσσας. Από τη Θεσσαλονίκη, η προσέγγιση του Πάρκου γίνεται από τον δρόμο προς Στρυμωνικό και Λιθότοπο.

Ιδανική εποχή για επίσκεψη στο Πάρκο είναι οι μήνες Μάιος – Ιούνιος, οπότε τα περισσότερα πουλιά της λίμνης έχουν γεννήσει και μεγαλώνουν τα μικρά τους. Μπορεί να δει κανείς τότε διάφορα είδη ερωδιών, λαγγόνες, καλαμοκανάδες και πολλά άλλα, καθώς και πολλές φωλιές πελαργών. Είναι επίσης ιδανική εποχή για επίσκεψη στο όρος Κερκίνη, με τα πολλά δάση και τα σπάνια αγριολούλουδα.

Το φθινόπωρο, τους μήνες Οκτώβριο-Νοέμβριο, κατεβαίνουν στο Πάρκο υδρόβια πουλιά από τη βορειοανατολική Ευρώπη, κοπάδια από διάφορα είδη πάπιας, κύκνοι, βουτηχτάρια, κ.α.

Μερικές φορές το χειμώνα, αν το κρύο είναι δυνατό στις βορειότερες χώρες, μπορεί να δει κανείς χιλιάδες πουλιά που έρχονται να ξεχειμωνιάσουν στο Πάρκο.